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中德科学中心是一个按照中国法律建立的独立事业法人机构，法人代表是NSFC主管外事工作的副主任，目前由NSFC副主任、中科院院士朱作言教授担任。
中心在一个由8人组成的联合委员会的指导下开展工作。联合委员会由两国知名科学家和两个组织的代表共同组成。联合委员会的主席由NSFC副主任和DFG的副主席共同担任。现任联合委会委员如下：
中方委员：
| 沈文庆教授 |
NSFC副主任，中科院院士，联委会中方主席 |
| 王 杰教授 |
NSFC副主任兼秘书长 |
| 许智宏教授 |
北京大学校长，中科院院士 |
| 周炳琨教授 |
中科院院士，清华大学教授 |
德方委员：
| F.
Schüth 教授 |
DFG副主席，联委会德方主席，马普化学研究所教授 |
| B.
Friedrich 教授 |
DFG前副主席，洪堡大学教授 |
| D. Dzwonnek 博士 |
DFG秘书长 |
| D.
Wagner 教授 |
DFG副主席，卡尔斯鲁厄大学教授 |
联委会每年举行一次会议。其工作职责是任命中心主任，听取和讨论中心年度工作报告、财务报告及审计报告，确定重大项目和战略领域。
NSFC和DFG通过联委会分别为中心任命一位主任和一位常务副主任，四人主任办公会议对中心工作的完成情况负责。现任主任办公会议成员如下：
中方主任：
德方主任：
中心现有11名工作人员协助主任工作。
NSFC和DFG 每年为中心提供足够的资金，以保证开展各类科学交流活动所需的经费。双方各承担经费的50%。2007年度经费为2300万人民币（约2.3百万欧元）。
（中心领导：从左到右赵妙根教授, 韩建国教授, Armin Krawisch先生, 陈乐生教授）
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